まず、高校生で指名できるのは、日本高野連にプロ野球志望届が出されてい９４選手、大学生は全日本大学野球連盟からプロ野球志望届が出されている１１２選手だけ。
選択方法は、１巡目だけ「入札抽選」で、全球団が選択を希望する選手名を記入した用紙を同時に提出する。単独指名の場合は選択が確定。重複した場合は抽選で決定し、全１２球団が確定するまでこれを繰り返す。つまり、何度も抽選が行われる可能性がある。
２巡目以降の指名順は、「球団順位の逆順」による。今年はオールスターでセ・リーグが勝ち越したため、セのリーグ戦最下位の横浜から始まり、パ・リーグ最下位のソフトバンク、セ５位のヤクルト、パ５位の楽天…と続く。３巡目はその逆で、パの１位・西武、セの１位・巨人…となる。２巡目以降は、重複指名はできない。
■２巡目以降の選択順
２、４、６、８、１０巡目
横→ソ→ヤ→楽→広→ロ→中→日→神→オ→巨→西
３、５、７、９巡目
西→巨→オ→神→日→中→ロ→広→楽→ヤ→ソ→横
各球団は１０位まで指名でき、全球団の総指名数が１２０人未満であれば、１１位以降も指名が可能。
また、全球団が「選択終了」しても１２０人に達していなければ、希望球団により、ドラフトの２位以降と同様の方式で「育成選手選択会議」を実施する。
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